Se il paziente ha un'ulcera da FANS può essere utile un controllo dopo 4-6 settimane, soprattutto se la terapia antinfiammmatoria deve essere continuata. In questi casi comunque è forse preferibile ricorrere a farmaci alternativi come l'associazione paracetamolo + codeina o il tramadolo. Nel caso di polipi gastrici il controllo endoscopico è necessario solo nei polipi adenomatosi (a distanza di circa 12 mesi) per verificare la comparsa di nuovi polipi oppure l'insorgenza di un adenocarcinoma iniziale nelle mucosa adiacente. I polipi gastrici adenomatosi comportano infatti un aumento del rischio neoplastico. I pazienti gastroresecati per ulcera (se ne vedono sempre meno) hanno un aumento del rischio di comparsa del cancro gastrico a livello del moncone dopo 25 anni dall'intervento, tuttavia si è visto che il follow-up endoscopico non riduce la mortalità per cui bisognerà valutare da caso a caso. Altre indicazioni approvate della EGDS sono l'ematemesi, la melena, la presenza di sangue occulto fecale (nel caso di colonscopia negativa), la presenza di disfagia o odinofagia, il sospetto di varici esofagee nel paziente epatopatico, l'anemia sideropenica, il dolore toracico (nel caso di accertamenti cardiologici negativi). Non è in genere considerata appropriata la richiesta di una EGDS nei soggetti inferiori a 45 anni con dispepsia o sintomi di reflusso che non siano stati prima trattati empiricamente. Altre indicazioni non appropriate sono l'ernia jatale asintomatica o senza complicazioni e la deformazione del bulbo duodenale asintomatica. Ovviamente anche per la EGDS vale quanto detto per la colonscopia: occasionalmente e per particolari considerazioni di ordine clinico può essere giustificato ricorrere all'esame anche in presenza di condizioni non codificate.