L'esame endoscopico del tratto digestivo superiore è indicato nei casi di dispepsia se vi sono segni di allarme (anemia, calo ponderale, sanguinamento, sangue occulto positivo, vomito persistente) o se il paziente riferisce di aver assunto farmaci potenzialmente gastrolesivi. Inoltre dovrebbe essere il primo approccio nei pazienti dispeptici > 45-50 anni. Nel caso di dispepsia prima dei 45-50 anni è invece indicato un tentativo terapeutico empirico o il cosiddetto test and treat, secondo quanto già detto nel capitolo sulla dispepsia. In alcuni casi però può essere utile richiedere comunque una EGDS, per rassicurare il paziente. In effetti è stato visto che una gastroscopia negativa riduce il numero di visita mediche e migliora la qualità di vita. Una EGDS si impone ovviamente nei pazienti dispeptici giovani che non rispondono alla terapia o che mostrano una variazione dei lori disturbi. Nel caso di MRGE l'endoscopia è indicata nei casi che non rispondono alla terapia (ma spesso anche qui si richiede una EGDS una tantum per confermare la diagnosi e per escludere altre patologie). Per il follow-up della MRGE e della esofagite, vedi sopra. Nell'ulcera duodenale senza complicazioni HP positiva non è indicato alcun controllo successivo alla prima EGDS se il paziente risponde bene alla terapia. Invece l'EGDS di controllo diventa necessaria se l'ulcera duodenale è complicata e nel caso di ulcera gastrica (vanno ripetute le biopsie). Un caso particolare è quello del paziente con pregressa ulcera duodenale trattata con successo che recidiva. In questo caso può essere accettabile far eseguire un test per HP e trattare in seguito con uno schema eradicante diverso, riservando l'endoscopia ai casi che non rispondono. Se però l'HP test è negativo e/o i sintomi appaiono diversi o più gravi è necessario far eseguire una nuova EGDS.